Viimeisimmästä postauksesta onkin kulunut aikaa.. Mitään kovin ihmeellistä ei Mt Thomasin valloittamisen jälkeen ole tapahtunut, ja lisäksi.. aika on mennyt hirveän nopeasti (toistan itseäni, mutta kun se on ihan totta..) No niin, nyt vuorossa postaus, jota olette varmasti kuumeisesti odottaneet! Ai ette? No, kerron silti lyhyehkösti ja toivottavasti kohtalaisen ymmärrettävästi väitöskirjani aiheen!

Rumex obtusifolius, tylppälehtihierakka

Rumex crispus, poimuhierakka

Rumex conglomeratus, ei suomenkielistä nimeä

Toistoa, mutta tässä uudelleen tutkimuslajini!

Tutkimukseni on osa suurempaa projektia, jossa selvitetään syitä muutaman hierakkalajin (Rumex sp) invasiivisuuteen Uudessa-Seelannissa verrattuna (oletettuun) kotimaahansa, Isoon Britanniaan. Invasiivisuudella tarkoitan siis sitä, miten hierakoista on tullut haitallisia vieraslajeja täällä, mutta ei Brittilässä. Vieraslajeihin liittyy paljon invasiivisuutta selittäviä teorioita, joita en nyt avaa tässä, mutta joista osa on tutkimusryhmän muiden tutkijoiden selvitettävänä. Itse yritän selvittää sitä, löytyykö hierakoiden genetiikasta jotain sellaista, mikä voisi omalta osaltaan selittää niiden hurjaa levinneisyyttä täällä. Tutkin siis Uuden-Seelannin ja Ison Britannian populaatioiden geneettisiä eroja. Toivottavasti niitä löytyy ja niiden perusteella voisi löytää syitä hierakoiden invasiivisuudelle.

Tutkimuksen teoriataustaa lyhyesti: Ajatellaan, että uuteen ympäristöön jouduttuaan populaatio läpikäy geneettisen pullonkaulan, joka vähentää populaation geneettistä monimuotoisuutta ja siten vaikeuttaisi sopeutumista uusiin oloihin. Osa tutkimuksista on kuitenkin löytänyt päinvastaisia tuloksia, joiden mukaan geneettinen pullonkaula ei välttämättä poista niitä geenejä, jotka vaikuttavat yksilöiden kelpoisuuteen (kasvuun ja lisääntymiseen, esimerkiksi). Lisäksi hierakoiden kohdalla on oletettava, että niitä ei ole päätynyt tänne vain kerran, vaan useasti (engl. multiple introductions), jolloin geenivirta olisi todennäköisesti ollut riittävää säilyttämään sopeutumiseen tarvittavia geenejä. Useissa tutkimuksissa on itse asiassa havaittu, että tällainen säilyvä (ihmisavusteinen) geenivirta voi jopa tuoda uusiin populaatioihin sellaisia geeniyhdistelmiä, joita kotimaassa ei ole, ja jotka voivat lisätä uusien populaatioiden kelpoisuutta (engl. admixture, heterosis, hybrid vigour).

Tarkoitukseni on lähteä tutkimaan genetiikkaa melko uuden genotyping-by-sequencing -menetelmän avulla. Se on menetelmä, jossa eräänlaisten geneettisten saksien, katkaisuetsyymien (engl. restriction enzymes) avulla pilkotaan yksilöiden koko genomi pienenpieniin osiin, joista osa sitten sekvensoidaan eli niiden DNA:n emäsjärjestys selvitetään. Kun sitten useiden yksilöiden genomisekvenssejä vertaillaan keskenään, voidaan eroavaisuuksia löytää juuri emäsjärjestyksien eroissa ja näin ollen ehkä kertoa jotain yksilöiden keskinäisistä suhteista. Ja kun selvitetään useampien populaatioiden genomi, saatetaan päästä kiinni siihen, mitkä populaatiot ovat keskenään samankaltaisempia kuin toiset.

Genetiikan lisäksi tarkoitukseni on selvittää Uuden-Seelannin ja Iso Britannian populaatioiden eroavaisuuksia risteytyskokeilla. Tulemme siis risteyttämään kasveja täältä kasveihin Brittilästä ja vertaamme niiden kelpoisuutta sellaisiin kasveihin, joiden molemmat vanhemmat ovat täältä tai Brittilästä. Oletuksena on tutkia aiemmin mainitsemaani mahdollista hyötyä “jatkuvasta” geenivirrasta. Toivottavasti tämä tutkimus muodostaa mukavan kokonaisuuden genomitutkimukseen yhdistettynä.

Kolmannen tutkimukseni aihe on vielä hieman työn alla. Se saattaa liittyä risteytyskokeeseeni tai sitten vaihtoehtoisesti syventää muiden tutkimusryhmäläisteni tutkimusten tuloksia, mikäli he löytävät jotain mielenkiintoista! En millään  malttaisi odottaa, että pääsen aloittamaan itse tutkimuksen! Tällä hetkellä kirjoitan tutkimussuunnitelmaa eli koetan selvittää tutkimukseni teoreettista viitekehystä, koitan selvittää mitä on tutkittu ja miten ja tietysti lisäksi pyrin selventämään omia menetelmiäni ja tutkimuskysymyksiäni.

Huh, täytyy sanoa, että nyt oli kyllä erittäin vaikeaa koittaa löytää suomenkielisiä selityksiä näille termeille. Ei se ole aiemminkaan ollut helppoa, mutta nyt tuntuu jotenkin vielä vaikeammalta, kun on lähes yksinomaan vaihtanut käyttökielen englantiin.. Ja vielä kun läheskään kaikille biologian alan termeille ei ole vakiintuneita suomenkielisiä vastineita… No, toivottavasti tästä jäi teille jotain käteen!

Kuvituskuvina toimii perin syksyinen maisema, joka täällä tällä hetkellä vallitsee. Tuulee etelästä (etelämantereelta), mikä kylmentää lämpötilaa välittömästi ihan huimia määriä. Aamuisin säätiedon “tuntuu kuin”-lämpötila on näyttänyt pakkaslukemia. No, viikonloppuna ja alkuviikosta tuulen pitäisi kääntyä ja lämpötilan nousta taas 15 asteen tietämille. Jos Islannin säätä pidetään vaihtelevana, niin tämä on sitä vielä enemmän!

Kirjoittelemisiin!